Fusie en beginjaren
De club werd in 1970 opgericht, uit een fusie tussen betaald voetbal afdelingen van Velox, Elinkwijk en DOS. Laatstgenoemde had zich in het seizoen daarvoor ternauwernood weten te handhaven in de Eredivisie, waardoor de club meteen op het hoogste niveau kon beginnen. De fusie was voor DOS noodzakelijk, omdat de club het in haar eentje hoogstwaarschijnlijk niet zou gaan redden; de club was - met zogenaamd betonvoetbal - al drie jaar lang op het nippertje aan degradatie ontsnapt. Door mismanagement stond de club tevens aan de rand van het faillissement. Een cynische opmerking uit die tijd: "De club kan niks, zelfs niet degraderen." Elinkwijk en Velox stonden minder te juichen om de fusie met de Kanaries. Velox was begin jaren '60 gepromoveerd naar de Eerste divisie en was enkele keren dicht bij promotie naar de Eredivisie geweest. In 1968 degradeerde de ploeg echter weer naar de Tweede divisie. Elinkwijk wisselde "heen & weer" seizoenen in de kelder van de Eredivisie af met een plaats in de top van de Eerste divisie. Elinkwijk (oorspronkelijk geen Utrechtse club, maar afkomstig uit het tot 1954 zelfstandige Zuilen) wilde liever zelfstandig blijven, maar onder druk van de gemeente Utrecht werden de clubs toch samengevoegd. Elinkwijk probeerde bij de fusiebesprekingen wel een plaats in de hoogste klasse van het amateurvoetbal af te dwingen maar werd in de tweede klasse geplaatst waarin het direct kampioen werd. Thuisbasis van de fusieclub werd het Stadion Galgenwaard, destijds het stadion van DOS, de grootste club van de drie fusiedeelnemers.

Eerste seizoen
De eerste trainer werd de toen 29-jarige ex-trainer van Velox Bert Jacobs, geassisteerd door Fritz Korbach (24). Ze trachtten van de drie kernen, met drie verschillende identiteiten, één club met één cultuur te smeden. Om het niet moeilijker te maken werd er in het eerste jaar maar één speler aangekocht: Co Adriaanse kwam voor 125.000 gulden over van De Volewijckers uit Amsterdam. De kern bestond verder uit 5 spelers van DOS (Cor Hildebrand, Ed van Stijn, Piet van Oudenallen, Tom Nieuwenhuys en John Steen Olsen), 4 van Elinkwijk (Joop Leliveld, Jan Blaauw, Dick Teunissen en Jan Groenendijk) en Marco Cabo van Velox. De eerste wedstrijd was een uitduel tegen toenmalig Europacupwinnaar Feyenoord. Groenendijk scoorde het eerste doelpunt van Utrecht, maar ondanks de 0-1 verloor de ploeg uiteindelijk met 4-1. De club eindigde dat seizoen uiteindelijk op de 9e plaats.FC Utrecht bleef een constante factor in de daaropvolgende decennia, met uitschieters naar boven in 1981 (3e plaats) en 1991 (4e plaats) en naar beneden in 1975, 1994 en 1996 (15e plaats). De club behield volgens het boek "50 jaar betaald voetbal" haar imago dat in de eerste jaren was opgebouwd van een volksclub die initiatiefrijk en fel voetbal probeerde te spelen.

Bijna-faillissement en wederopstanding
Met spelers als Hans van Breukelen, Leo van Veen en Willem van Hanegem (tot voor kort trainer van de club) bleef Utrecht gestaag groeien. Maar in 1981 trok de FIOD aan de bel, en een hele modderpoel werd blootgelegd: van verschillende spelers zouden de transfer- en salariskosten zwart worden gefinancierd, en tussen 1976 en 1980 waren er door de club geen premies volksverzekeringen en loonbelasting over hand- en tekengeld betaald, en was er gefraudeerd met de recettes. FC Utrecht werd onder surseance van betaling gesteld, en het einde leek nabij. Maar zowel spelers als supporters gaven niet op. Er werd een handtekeningenactie georganiseerd (66.000 handtekeningen), als gebaar gingen de spelers onder leiding van Hans van Breukelen langs de deuren met kwartetspellen, en de spelers namen een single op, getiteld We geven het niet op. De gemeente Utrecht kon geen kant op, zowel vanwege de druk van de bevolking als het feit dat er tegelijkertijd een compleet nieuw stadion werd gebouwd, genaamd Nieuw Galgenwaard. Een gloednieuw stadion zonder club om er in te voetballen is geen prettige gedachte, dus schoot de gemeente geld voor.

Eerste overnamepoging
De club was (en is) erg gebrand op een sterke binding met de stad Utrecht en een goede jeugdopleiding maakt daar deel van uit. Van de achttien selectiespelers die in 1982 de bekerfinale haalden (en verloren van AZ '67) komen er veertien uit de eigen jeugd, waaronder het middenveld Jan Wouters-Gert Kruys-Frans Adelaar. Er wordt dan ook met ongeloof gereageerd als op 1 april 1985 het Utrechts Nieuwsblad lekt dat er plannen zijn om de club te verkopen aan een consortium geldschieters, waaronder de Engels krantenmagnaat Robert Maxwell, Philips, KLM, maar ook Johan Cruijff. Samen hadden ze grootse plannen om van FC Utrecht een topclub te maken, maar door tijdsdruk ging het hele feest niet door. Cruijff boekte een enkeltje naar Barcelona, en de harde kern, fel gekant tegen het plan, haalde opgelucht adem. Voor hen was Utreg in handen van een Ajacied een schrikbeeld, aangezien er tussen FC Utrecht en Ajax al jaren een stammenstrijd heerst, die tot uiting komt in rellen tijdens wedstrijden.

Naast het feit dat zowel Utrecht als Amsterdam tot de grootste steden van Nederland behoren, speelt het feit dat veel geboren Utrechters, zoals Marco van Basten, Gerald Vanenburg (alleen aan het eind van zijn carrière) en Wesley Sneijder nooit voor de club uit de Domstad hebben gespeeld, maar direct vanaf Ajax hun succesvolle carrière zijn begonnen, een grote rol in de oorzaak van deze strijd. Deze tendens lijkt nu verschoven te zijn naar Eindhoven, waar de uit Utrecht afkomstige topspelers-in-de-dop Ibrahim Afellay en Ismaïl Aissati bij PSV onder contract staan (mede door een samenwerkingsverband tussen PSV en -ironisch genoeg- USV Elinkwijk), die anno 2009 voor Ajax speelt. In de loop der jaren werden veel spelers die vanuit de jeugdopleiding van FC Utrecht naar het hoogste niveau waren doorgestroomd door "het grote geld uit Amsterdam" opgekocht en naar Ajax getransfereerd, onder wie Jan Wouters, Rob de Wit en Robbie Alflen.

Problemen
In het begin van de jaren '90 ontstonden er problemen binnen de club. Doordat het Utrecht niet meer lukte om zich te plaatsen voor Europees voetbal werden er inkomsten misgelopen, bestuurders en trainers kwamen en gingen, er ontstonden ruzies en geldproblemen en goede spelers werden verkocht om het gat in de begroting te dichten. In 1996 greep hoofdsponsor AMEV in: de club kreeg een financiële injectie, de verzekeringsmaatschappij de bestuurlijke macht. Met spelers als Michael Mols - ironisch genoeg ex-Ajacied - werd de gang naar boven ingezet. De club wilde een stabiele subtopper worden, en daar was het stadion niet meer voor geschikt. Dus werden er plannen gemaakt voor een nieuwe Galgenwaard, ontworpen door Zwarts & Jansma Architecten. Het stadion kwam er, maar als gevolg van onder andere de economische crisis en het instorten van de transfermarkt stond Utrecht in het voorjaar van 2003 aan de rand van de afgrond.

Er was geen geld meer om Midreth, het bedrijf dat verantwoordelijk was voor de bouw, te betalen. Op dat moment was het stadion voor een groot deel af, maar de Bunnikside, de tribune voor de harde kern van de supporters, was nog verre van gereed. Het bouwbedrijf schoot de kosten, zo'n vijfenhalf miljoen euro[15], dan maar voor, aangezien het materiaal al was geleverd. Hierdoor werd de club echter wel opgezadeld met een enorme schuld. Met een sanering en de verkoop van alle bezittingen, waaronder het stadion, aan onder andere de gemeente Utrecht en Midreth, werd een faillissement op het nippertje afgewend. Martin Sturkenboom, toenmalig voorzitter, becommentarieerde: "Met de coup van AMEV is destijds tegelijkertijd een old-boys-netwerk ontstaan. Men corrigeerde elkaar niet. Voor dat stadion had natuurlijk een projectdirecteur moeten worden aangesteld. Een deskundige die er dag en nacht bovenop zit. Nu deden de bestuursleden project-Galgenwaard er even bij. Alsof het een tussendoortje betrof." Het stadion was echter wel in augustus 2004 af, en oogstte veel lof. Geregeld figureert Stadion Galgenwaard, zoals het nu officieel heet, in reclamespotjes (onder andere van Nuon en Tien). Ook in de RTL-serie Voetbalvrouwen dient Galgenwaard als thuishaven van het fictieve FC Heros.

De laatste jaren
Ondanks de financiële malaise aan het begin van het millennium presteert de club wonderwel goed. Onder leiding van Frans Adelaar en Foeke Booy wordt weer Europees gespeeld, en bovendien wordt van 2002 tot 2004 drie keer de finale van de KNVB beker gehaald (1 maal verlies, 2 maal winst). De jaren daarna lukt dit kunstje echter niet meer, met onder andere een pijnlijke 1-2 nederlaag tegen VVV-Venlo. Toch weet FC Utrecht zich in het seizoen 2006/2007 te plaatsen voor de Intertoto Cup, waar ze echter ook weer snel uitvalt. In juli 2007 wordt bekendgemaakt dat Foeke Booy het als trainer voor gezien houdt, na 7 jaar in de technische staf gezeten te hebben. Hij vertrekt naar het Arabische Al-Nassr en wordt vervangen door Willem van Hanegem, die van 1979 tot 1981 al eens het rood-wit van de club had verdedigd.De voorkant van de Galgenwaard, met het logo van PhanosHet seizoen 2007-2008 begint roerig, als de hoofdsponsor, vastgoedbedrijf Phanos in juli bekendmaakt de club over te willen nemen voor het symbolische bedrag van 1 euro.

In ruil daarvoor wil het bedrijf een gloednieuw stadion bouwen bij Leidsche Rijn en op het terrein waar nu Stadion Galgenwaard staat huizen bouwen. Tevens wil Phanos met behulp van financiële injecties de club structureel bij de top-4 van Nederland laten horen. Het plan lekt al snel uit in de media, en stuit op veel weerstand, aangezien de Galgenwaard net ingrijpend is verbouwd, en de fans bang zijn dat FC Utrecht haar "ziel" verkoopt. Daardoor worden de plannen voor lange tijd in de ijskast gezet.Vervolgens breekt er een conflict uit bij FC Utrecht tussen voorzitter Jan Willem van Dop en de Raad van Commissarissen. De laatste verwijt de voorzitter een financieel wanbeleid en een gebrekkige communicatie. Zo zou hij zowel trainer Van Hanegem als spits Kevin Vandenbergh naar Utrecht hebben gehaald zonder de RvC op de hoogte te hebben gebracht. Hoewel Van Dop het ontkent wordt hij op 3 september ontslagen. De ex-financieel directeur van Feyenoord spant echter, gesteund door het elftal, de technische staf en een groot deel van de achterban , een rechtszaak aan, die hij op 6 september dan ook wint, en Broos Schnetz, de interim-voorzitter die welgeteld drie dagen op de voorzittersstoel zat, moet zijn plaats alweer opgeven. Wie wel opstapt is de Raad van Commissarissen, die na het ontslag van Van Dop een golf van kritiek over zich heen kreeg.

Overname van 2008
Op 2 april 2008 maakt het bestuur van FC Utrecht via een persconferentie bekend dat de club toch is overgenomen, maar niet door Phanos. De nieuwe eigenaar is ondernemer Frans van Seumeren, die 35 jaar lang directeur was van bergingsbedrijf Mammoet. Van Seumeren, tevens voorzitter van amateurclub VV De Meern, koopt voor een bedrag van 16 miljoen euro 51% van de aandelen van FC Utrecht BV. Hij verbindt zich voor een periode van 10 jaar aan de club, en stelt als doel dat de club binnen een paar jaar weer een vaste aansluiting met de subtop vindt, vergelijkbaar met clubs als FC Groningen en sc Heerenveen. Eventuele winsten als gevolg van zijn investering zullen direct weer in de club worden gestoken.De overname door de komt voor velen als een verrassing, omdat Phanos al had aangekondigd op zoek te blijven naar een manier om de club aan te kopen. Volgens voorzitter Van Dop was het contract binnen drie weken na de eerste gesprekken getekend. Met de overname zijn de plannen van Phanos van de baan. Desondanks blijft het vastgoedbedrijf aan als hoofdsponsor, en wordt er zelfs gesproken over contractverlenging.